Чтобы ставка НДС рассчитывалась при продаже, установите ее в СБИС. Это можно сделать отдельно для каждого товара или сразу для нескольких позиций в каталоге. Если организация является плательщиком НДС, указанные тип номенклатуры и ставка НДС будут